Rainer Schäfer promovierte in Köln über die Dialektik in Georg Wilhelm Friedrich Hegels Logik. Seine Habilitation in Heidelberg befasste sich mit dem Selbstbewusstsein als Prinzip bei Johann Gottlieb Fichte. Er bekleidete seine erste Professur ab 2013 an der Beijing University am Department for Philosophy. Seit 2016 ist er Professor für Klassische deutsche Philosophie an der Universität Bonn.

Aktuelle Forschungsschwerpunkte sind die Deduktion von Kategorien in der klassischen deutschen Philosophie von Kant bis Hegel sowie das Mind-Body-Problem. Er ist Autor zahlreicher wissenschaftlicher Beiträge und Bücher. Zuletzt erschien »Aus der Erstarrung – Hellas und Hesperien im ›freien Gebrauch des Eigenen‹ beim späten Hölderlin«.